Neben der Düngung ist auch ein intaktes Bodenleben für die Nährstoffaufnahme der Pflanze von Bedeutung. Ein Bonsai profitiert hier besonders von Mykorrhiza-Pilzen die mit ihm in einer Symbiose leben. Der Pilz verbindet sich mit den Wurzeln und verbessert so die Nährstoff- und Wasseraufnahme sowie die Trocken- und Schädlingsresistenz der Pflanze. Als Gegenleistung erhält der Pilz einen Teil der von der Pflanze produzierten Glucose. Besonders Kiefern-, Fichten-, Buchen- und Eichenbonsai profitieren von der Symbiose.